Die Entwicklung um die Jahrhundertwende hat nachgewiesen, dass EIPOS erfolgreich gebührenfinanzierte Programme anbieten und durchführen kann. Besonderes Augenmerk wurde dabei auf die Gewährleistung von nachhaltiger Beschäftigungssicherung und erfolgreicher Karriereentwicklung der Teilnehmer gerichtet. So starteten die Masterstudiengänge auf den Gebieten Unternehmensführung, Facility Management, Real Estate Management und Regionalmanagement in Kooperation mit deutschen und österreichischen Universitäten, die auch die akademischen Abschlüsse verliehen. Das bezog sich ebenfalls auf das Akademische Europaseminar (AES), das im Januar 2000 an der VSB – Technische Universität Ostrava eröffnet und über 10 Jahre durchgeführt wurde.
Die Vielgestaltigkeit der Kooperationsstudiengänge, Fachfortbildungen, Update-Seminare und Tagungen erforderte nunmehr eine Konzentration der Kräfte. Die breite Palette der Leistungen wurden ab 2000 in den Fachbereiche Management und Kommunikation, Bau- und Immobilienwirtschaft und Umweltschutz und Regionalentwicklung gebündelt. Das Angebotsprofil folgte vier Leitlinien: universitäres Niveau, Marktakzeptanz, Internationalität und Individualität. Ein solider wissenschaftlicher interdisziplinärer Anspruch in Verbindung mit praxisorientierter Wissensvermittlung und Erfahrungsaustausch auf kollegialer Ebene waren maßgebend für die weitere erfolgreiche Entwicklung der Weiterbildungsprogramme.
Eine Kooperation mit der Steinbeis-Stiftung Stuttgart führte im Mai 1999 bei EIPOS zur Eröffnung des zweijährigen Studiums Master of Business Administration für chinesische Manager. In drei Matrikeln absolvierten 48 Teilnehmer das Studium in Zusammenarbeit mit der titelvergebenden Donau Universität Krems. Die Teilnehmer legten in ihren Masterarbeiten Geschäftspläne für den Markteintritt deutscher Unternehmen in China vor. Ein weiteres Integrationsstudium für Unternehmensführung koordinierte EIPOS an der Tongji Universität Shanghai, welches 180 chinesische Teilnehmer absolvierten. Die Beziehungen zu Hochschulen und Wirtschaftsverbänden in China haben bis heute Bestand. Seit 2004 ist jährlich eine einwöchige Studienreise in der Region Shanghai für Teilnehmer der Masterstudiengänge fest im EIPOS-Programm etabliert.
In der Buchreihe EIPOS-Forum erschienen im Jahre 2000 die ersten Veröffentlichungen im expert Verlag, in der Folge bis zur Gegenwart mit über 50 Titeln. 2001 wurde die Veranstaltungsreihe EIPOS-Podium zu fünf Themenkomplexen mit jährlich vier Veranstaltungen eröffnet. Den Eröffnungsvortrag hielt Dr. Erhard Busek, Vizekanzler der Republik Österreich.
2002 beschäftigte EIPOS e.V. 22 festangestellte Mitarbeiter und erzielte einen Umsatz von 2,5 Mio. EUR. Mit der Eröffnung eines neugebauten Seminargebäudes im September 1999 und der Modernisierung der Innenräume in der Villa konnten die Bedingungen für einen modernen Seminarbetrieb in der Goetheallee 24 deutlich verbessert werden.
